| Наименование статьи | Моделирование способов проведения ПЦР для первичного скрининга BoLA-DRB3-аллелей |
|---|
| Страницы | 24 |
|---|
| Аннотация | Ключевую роль в резистентности к лейкозу крупного рогатого скота отводят гену BoLA-DRB3, ответственному за первичный иммунный ответ организма на вирусную инфекцию. Корректная идентификация его аллелей, в т. ч. ассоциированных с устойчивостью или чувствительностью к лейкозу, достижима применением наукоемких ДНК-технологий, опирающихся на достоверные знания о полиморфизме изучаемого гена. Цель настоящего исследования заключалась в картировании однонуклеотидных полиморфизмов и установлении идентификационно-значимых SNPs в анализируемом локусе BoLA-DRB3-алле лей с последующим отбором праймеров и моделированием способов проведения ПЦР для первичного скрининга аллелей устойчивости и чувствительности к лейкозу крупного рогатого скота. Исследование проводили в лаборатории лейкозологии ФГБНУ ФНЦ ВИЭВ РАН. Теоретико-аналитическая часть биоинформационного исследования выполнена в ходе множественного выравнивания нуклеотидных последовательностей локуса BoLA-DRB3-аллелей, размещенных в репозитории IPD-MHC. При моделировании генодиагностических подходов к первичному скринингу аллелей устойчивости и чувствительности к лейкозу крупного рогатого скота опирались на базовые принципы, заложенные в методиках аллель-специфичной ПЦР, гнездовой и полугнездовой ПЦР. В результате проведенного исследования смоделированы соответствующие способы проведения ПЦР с наборами праймеров-кандидатов, отправной точкой подбора которых послужили идентификационно-значимые SNPs из числа картированных однонуклеотидных полиморфизмов в анализируемом локусе генетических вариантов BoLA-DRB3. Подобранные при этом праймеры-кандидаты, предварительно представленные в 20-мерном формате, могут быть укорочены или удлинены на определенное количество нуклеотидов до приведения к оптимальной температуре отжига в рамках дальнейших шагов по их конструированию. Положительные ПЦР-тесты со сконструированными праймерами смогут указать на возможное наличие аллелей устойчивости и/или чувствительности к лейкозу у исследуемого крупного рогатого скота. Для повышения точности интерпретации получаемых результатов генотипирования и качества проводимых скрининговых мероприятий рекомендуется заключительное подтверждение их присутствия в геноме Bos taurus BoLA-типированием методом секвенирования у целевой выборки ПЦР-позитивных животных. |
|---|
| Ключевые слова | крупный рогатый скот, лейкоз, резистентность, BoLA-DRB3, аллель, SNP, ПЦР, скрининг |
|---|
| Журнал | Ветеринария и кормление |
|---|
| Номер выпуска | 1 |
|---|
| Автор(ы) | Вафин Р. Р., Гильманов Х. Х., Шастин П. Н. |
|---|