| Аннотация | В свете новых знаний о генетическом многообразии Bovine leukemia virus требуется дальнейшее развитие его генотипической классификации и геноидентификационных подходов, преимущественно базирующихся как на филогенетическом анализе локуса env-гена BLV, так и ПЦР-ПДРФ-генотипировании данного вирусного патогена. Цель настоящего исследования состояла в разработке обновленной стратегии ПЦР-ПДРФ-генотипирования Bovine leukemia virus, усовершенствованной с учетом пополняемых данных о генетическом многообразии циркулирующих в мире генотипов BLV и в соответствии с современной филогенетической классификацией возбудителя. На основании интерпретации ПЦР-ПДРФ-профилей нуклеотидных последовательностей локуса env-гена 1148 изолятов BLV, рассчитанных по идентификационно значимым рестриктазам, в обновленной стратегии генотипирования возбудителя оставлены лишь наиболее информативные из них: SspI, HphI, HaeIII, BstУI, DdeI, HpyCH4III и АluI. При этом основным отличи ем обновленной стратегии ПЦР-ПДРФ-генотипирования BLV от предшествующей является замена рестриктазы PvuII на АluI и обеспечение полной согласованности с современной филогенетической классификацией возбудителя. Альтернативная стратегия ПЦР-ПДРФ-генотипирования, ранее предложенная японскими исследователями, также базируется на 7 эндонуклеазах рестрикции, но преимущественно другого состава: BmrI, АlwI, HphI, ТaqI, PvuII, BamHI и MseI. Дополнительно проведенный анализ ее идентификационного потенциала указывает на неспособность альтернативной стратегии генотипирования идентифицировать ряд представителей 1-го, 6-го, 8-го и 12-го генотипов BLV. При филогенетическом анализе генетического разнообразия представителей изучаемого возбудителя на предмет их генотипической принадлежности в качестве референсных использованы нуклеотидные последовательности локуса env-гена типовых изолятов известных генотипов BLV. Охарактеризованный в настоящей работе новый 13-ый генотип BLV занимает промежуточное положение между 2-ым и 3-им генотипами возбудителя. Окончательное решение по генотипической принадлежности двух его изолятов (33392-2012 и 25633-2013), выделенных итальянскими исследователями, следует принять по результатам анализа их локуса env-гена более протяженной длины или полногеномной последовательности, пока не депонированных в биоинформационные ресурсы. |
|---|