| Аннотация | Современные достижения в области молекулярной биологии открывают новые возможности для развития ДНК-технологий генотипирования Bovine leukemia virus, диагностически ценные локусы генов которого могут служить мишенью для разрабатываемых молекулярно-генетических тест-систем. Цель настоящего исследования заключалась в разработке ДНК-технологий генотипирования Bovine leukemia virus детекцией и интерпретацией идентификационно значимых однонуклеотидных полиморфизмов в локусе env-гена возбудителя, как на основе смоделированного способа SNP-генотипирования BLV анализом данных прямого секвенирования ПЦР-продукта, так и на основе смоделированных способов проведения генотипспецифичных ПЦР. Выравнивание секвенированных на генетическом анализаторе "НАНОФОР 05" амплифицированных в гнездовой ПЦР нуклеотидных последовательностей локуса env-гена выявленных провирусных изолятов BLV выполнено в программах BLAST, CLUSTALW и MEGA-4 с последующим филогенетическим анализом. Дизайн генотип-специфичных праймеров для ПЦР-идентификации 4-го, 7-го и 8-го генотипов BLV проведен в программе OligoAnalyzer 1.2. Разработанные ДНК-технологии, протестированные в настоящей работе, показали согласованные друг с другом результаты при установлении генотипической принадлежности выявленных изолятов провируса, относящихся к представителям 4-го, 7-го и 8-го генотипов возбудителя. При идентификации перечисленных генотипов BLV SNP-генотипированием учитывались диагностически значимые полиморфные позиции, в частности, специфичные для 4-го (G84A) и 8-го (C394T) генотипов SNPs, а также характерные для 7-го генотипа (T220C и A334A), в совокупности, обеспечившие его дифференциацию от других генотипов возбудителя. Сопряженность идентификационно значимых однонуклеотидных полиморфизмов с 3-концевыми нуклеотидами сконструированных генотипспецифичных праймеров для ПЦР-идентификации 4-го, 7-го и 8-го генотипов BLV служила одним из базовых критериев при их дизайне. Генотипическая принадлежность выявленных провирусных изолятов BLV, установленная разработанными ДНК-технологиями, подтверждена последующим филогенетическим анализом их секвенированных нуклеотидных последовательностей локуса envгена вместе c соответствующими последовательностями референсных изолятов BLV, депонированными в GenBank NCBI, что указывает о достоверности полученных ранее результатов генотипирования возбудителя. |
|---|
| Ключевые слова | BLV, изолят, env, ген, генотип, ПЦР, секвенирование, SNP, филогенетический анализ |
|---|