| Аннотация | Фактор некроза опухоли-альфа (TNF-a) является ключевым цитокином иммунного ответа, а полиморфизм его гена у крупного рогатого скота, локализованного на хромосоме BTA23 в регионе BoLA, ассоциирован с резистентностью к биотическим стрессорам и другими хозяйственно полезными признаками животных. Корректная идентификация аллелей, генотипов и гаплотипов TNF-? Bos taurus, а также раскрытие механизмов их взаимодействия с фенотипическими проявлениями - актуальные направления исследований, требующие дальнейшего изучения. Цель настоящего исследования заключалась в выявлении и картировании полиморфных сайтов рестрикции у 3 SNP-маркеров (AН9-1, AН9-2 и AН9-3) гена TNF? Bos taurus с последующим ПЦР-ПДРФ-профилированием встречаемых генотипов и моделированием способа генотестирования крупного рогатого скота по перечисленным полиморфным маркерам анализируемого локуса с конструируемыми праймерами и отбираемыми рестриктазами. Дизайн сконструированных праймеров-кандидатов TNFA-F4 и TNFA-R4 выполнен в программе OligoAnalyzer 1.2 и dCAPS Finder 2.0. Диагностически значимые рестриктазы отобраны с использованием онлайн-программы NEBcutter V3.0, с помощью которой были картированы выявленные полиморфные сайты рестрикции, а также проведено ПЦР-ПДРФ-профилирование возможных генотипов анализируемыхSNP-маркеров. Это позволило определить потенциал детектирования полиморфных позиций 3 SNP-маркеров (AН9-1, AН9-2, AН9-3) гена TNF Bos taurus методом ПЦР-ПДРФ-анализа. При этом установлено, что детекция AН9-3 сопряжена с необходимостью создания искусственного полиморфного сайта рестрикции за счет нуклеотидной замены в последовательности одного из праймеров. С конструированными праймерами-кандидатами (TNFA-F4 и TNFA- R4) и отобранными эндонуклеазами рестрикции (SacI, PleI, BsrI, MluCI и PstI) смоделирован способ генотипирования крупного рогатого скота по перечисленным полиморфным маркерам анализируемого локуса гена. Данный способ предусматривает последовательные этапы выделения нуклеиновых кислот постановки полимеразной цепной реакции (ПЦР), полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (ПДРФ) и гель-электрофорезной детекции с последующей интерпретацией полученных результатов генотестирования крупного рогатого скота в идентификационном ключе. |
|---|