| Аннотация | Генотипическая принадлежность выявляемых изолятов Bovine leukemia virus может быть установлена как филогенетическим анализом секвенируемых нуклеотидных последовательностей локуса env-гена BLV, так и согласуемыми с его современной классификацией акту ализированными стратегиями ПЦР-ПДРФ-генотипирования. Це лью настоящего исследования являлась систематизация знаний о генетическом разнообразии BLV с типизацией выявленных изолятов усовершенствованной стратегией ПЦР-ПДРФ-генотипирования, а также оценкой её согласованности с филогенетической классификацией возбудителя лейкоза крупного рогатого скота. Поиск депонированных в GenBank NCBI последовательностей локуса env-гена BLV, их выравнивание и филогенетический анализ позволил установить генотипическую принадлежность не менее 1148 изолятов изучаемого вирусного патогена. Интерпретация рассчитанных ПЦР-ПДРФ-профилей 1148 изолятов BLV, сгенерированных рестрикционным картированием локуса env-гена по 7 эндонуклеазам рестрикции (PvuII, SspI, HphI, HaeIII, BstYI, DdeI и HpyCH4III), сводилась к наличию в усовершенствованной стратегии генотипирования 101 комбинации ПЦР-ПДРФ-профилей. При этом четыре комбинации ПЦР-ПДРФ-профилей не обладали генотип-ассоциированным статусом ввиду того, что 2-ая комбинация 1-го генотипа BLV была схожа со 101-ой комбинацией 13-го генотипа, а 36-ая комбинация 4-го генотипа была подобна 98-ой комбинации 10-го генотипа. Таким образом общая доля генотип-ассоциированных комбинаций ПЦР-ПДРФ-профилей равнялась 96%, а доля идентифицируемых усовершенствованной стратегией генотипирования изолятов BLV с преимущественно депонированными в GenBank NCBI последовательностями локуса env-гена составила 99,3%, тем самым имея более высокий идентификационный потенциал в сравнении с ближайшим прототипом, схожим в части общего количества используемых ферментов, но преимущественно другого набора. По лная же согласованность развиваемой стратегии генотипирования BLV с современной филогенетической классификацией может быть достигнута дополнительным эндонуклеазным расщеплением AluI для эффективной дискриминации схожих комбинаций ПЦР-ПДРФ-профилей ряда генотипов. Отобранные нуклеотидные последовательности локуса env-гена 101 типового изо лята 13 генотипов BL V рекомендуется использовать в качестве референсных при филогенетическом анализе генетического разнообразия представителей исследуемого возбудителя вирусной инфекции на предмет их генотипической принадлежности. |
|---|