| Аннотация | В данной статье представлены результаты поиска и анализа породоспецифичных для казахской белоголовой породы генов-кандидатов, маркирующих признаки мясной продуктивности на основе данных ДНК-типирования животных с помощью чипа GeneSeek GGP Bovine 150K («Illumina Inc.», США). Обработку данных генотипирования для каждого SNP и каждого образца выполняли с использованием программного пакета PLINK 1.9 (http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/). Поиск уникальных областей генома проводился помощью рядов гомозиготности (ROH). Ряды гомозиготности (ROH) оценивали для каждого животного, с помощью PLINK Cattle QTL database. По геномным координатам выявленных породоспецифичных участков генома был проведен поиск QTL, заявленных для этих пород по базе данных Cattle QTL Database. Затем, в этих участках, через базу данных Ensembl.org/ были получены списки генов, локализованных в данных областях генома и некоторые их характеристики. Для характеристики генов-кандидатов использовались данные открытой международной генетической базы http://www.pantherdb.org. Определены уникальные SNP-гаплотипы соответствующие потенциальным QTL у крупного рогатого скота казахской белоголовой породы обнаружены на хромосомах: 2 - участки 67226923:72583890, 73165500:74246725 и 74322634:74444101, 5 - участок 17125373:19048571, 6- участок 64466274:88186013, 13- участки 64228423:64660314 и 13:65140902:65236809, 14- участок 81915831:82174926, 26- участок 48407133:50450382 п.н. Установлено, что гены-кандидаты, локализованные в породоспецифичных областях генома крупного рогатого скота казахской белоголовой породы, обладают трансдукторной и каталитической молекулярной активностью. В частности, у казахского белоголового скота их доли составляют 27,9 и 36,2% соответственно. |
|---|